《异世界的圣机师物语》故事发生在一个纷争不绝的异世界，它被称为“杰米娜”。而15岁的少年柾木剑士被召唤到了那个异世界。被卷入到纷争中去的他操纵着杰米娜的战斗兵器—古代遗迹发现巨人体所复制而成的“圣机人”进行战斗。而由于操纵圣机人的圣机师的耐性问题，所以机师异界人居多。最终剑士会有什么样的际遇呢？